Pembatalan faktur pajak dilakukan apabila terjadi pembatalan transaksi penyerahan Barang Kena Pajak dan/atau penyerahan Jasa Kena Pajak yang Faktur Pajak-nya telah diterbitkan.  Ketentuan tentang hal ini dimuat dalam Pasal 8 Peraturan Menteri Keuangan Nomor 38/PMK.03/2010 :

Dalam hal terdapat pembatalan transaksi penyerahan Barang Kena Pajak dan/atau penyerahan Jasa Kena Pajak yang Faktur Pajak-nya telah diterbitkan, Pengusaha Kena Pajak yang menerbitkan Faktur Pajak harus melakukan pembatalan Faktur Pajak.

Hal yang sama ditegaskan lagi dalam Pasal 12 Ayat (3) Peraturan Dirjen Pajak Nomor PER-13/PJ/2010 :

Dalam hal terdapat pembatalan transaksi penyerahan Barang Kena Pajak dan/atau penyerahan Jasa Kena Pajak yang Faktur Pajak-nya telah diterbitkan, maka Pengusaha Kena Pajak yang menerbitkan Faktur Pajak harus melakukan pembatalan Faktur Pajak yang tata caranya diatur dalam Lampiran VIII huruf C Peraturan Direktur Jenderal Pajak ini, yang merupakan bagian yang tidak terpisahkan dari Peraturan Direktur Jenderal Pajak ini.

Tatacara Pembatalan Faktur Pajak

Pembatalan Faktur Pajak dilakukan apabila terjadi pembatalan transaksi penyerahan Barang Kena Pajak dan/atau penyerahan Jasa Kena Pajak yang Faktur Pajak-nya telah diterbitkan. Pembatalan transaksi harus didukung oleh bukti atau dokumen yang membuktikan bahwa telah terjadi pembatalan transaksi. Bukti dapat berupa pembatalan kontrak atau dokumen lain yang menunjukkan telah terjadi pembatalan transaksi. Untuk itu, PKP Penjual yang melakukan pembatalan Faktur Pajak harus memiliki bukti dari PKP Pembeli yang menyatakan bahwa transaksi dibatalkan.

Faktur Pajak yang dibatalkan harus tetap diadministrasi (disimpan) oleh PKP Penjual yang menerbitkan Faktur Pajak tersebut. PKP Penjual juga harus mengirimkan surat pemberitahuan dan copy dari Faktur Pajak yang dibatalkan ke Kantor Pelayanan Pajak tempat PKP Penjual dikukuhkan dan ke Kantor Pelayanan Pajak tempat PKP Pembeli dikukuhkan.

Pelaporan Faktur Pajak

Apabila PKP Penjual ternyata belum melaporkan Faktur Pajak yang dibatalkan di dalam SPT Masa PPN, maka PKP Penjual harus tetap melaporkan Faktur Pajak yang dibatalkan tersebut dalam SPT Masa PPN dengan mencantumkan nilai 0 (nol) pada kolom DPP, PPN atau PPN dan PPn BM.

Sebaliknya, apabila PKP Penjual ternyata telah melaporkan Faktur Pajak tersebut dalam SPT Masa Pajak PPN sebagai Faktur Pajak Keluaran, maka Pengusaha Kena Pajak Penjual harus melakukan pembetulan SPT Masa PPN Masa Pajak yang bersangkutan, dengan cara tetap melaporkan Faktur Pajak yang dibatalkan tersebut dan mencantumkan nilai 0 (nol) pada kolom DPP, PPN atau PPN dan PPn BM.

Bagi PKP Pembeli telah melaporkan Faktur Pajak yang dibatalkan tersebut dalam SPT Masa PPN sebagai Faktur Pajak Masukan, maka PKP Pembeli harus melakukan pembetulan SPT Masa PPN Masa Pajak yang bersangkutan, dengan cara tetap melaporkan Faktur Pajak yang dibatalkan tersebut dengan mencantumkan nilai 0 (nol) pada kolom DPP, PPN atau PPN dan PPn BM.

Pembatalan Faktur Pajak Tidak Dapat Dilakukan

Berdasarkan Pasal 13 Ayat (1) Peraturan Dirjen Pajak Nomor PER-13/PJ/2010, pembatalan Faktur Pajak dapat dilakukan sepanjang terhadap SPT Masa PPN dimana Faktur Pajak yang dibatalkan tersebut dilaporkan, belum dilakukan pemeriksaan atau atas Pajak Pertambahan Nilai yang tercantum dalam Faktur Pajak tersebut belum dibebankan sebagai biaya.

Dengan demikian, apabila terhadap SPT Masa di mana Faktur Pajak yang dibatalkan sudah dilakukan pemeriksaan, maka pembatalan Faktur Pajak tidak bisa lagi dilakukan. Begitu pula, jika PKP Pembeli telah membebankan PPN sebagai biaya, maka atas Faktur Pajak PPN tersebut tidak dapat lagi dilakukan pembatalan Faktur Pajak.

Pembetulan SPT Masa PPN Tidak Harus Dilakukan

Berdasarkan Pasal 13 Ayat (2) Peraturan Dirjen Pajak Nomor PER-13/PJ/, PKP yang melakukan pembatalan Faktur Pajak harus melakukan pembetulan terhadap SPT Masa PPN pada Masa Pajak dimana Faktur Pajak yang dibatalkan tersebut dilaporkan, sepanjang terhadap SPT Masa Pajak PPN dimana Faktur Pajak yang dibatalkan tersebut dilaporkan, belum dilakukan pemeriksaan. Artinya, jika sudah dilakukan pemeriksaan, maka pembetulan SPT Masa PPN tidak harus dilakukan oleh PKP Penjual.

Dalam Pasal 13 Ayat (3) Peraturan tersebut juga dinyatakan bahwa Pembeli Barang Kena Pajak dan/atau Penerima Jasa Kena Pajak yang telah melakukan pengkreditan Pajak Masukan atas PPN pada Faktur Pajak yang dibatalkan oleh PKP Penjual, harus melakukan pembetulan SPT Masa PPN pada Masa Pajak dimana Faktur Pajak yang dibatalkan tersebut dilaporkan, sepanjang terhadap SPT Masa Pajak PPN dimana Faktur Pajak yang dibatalkan tersebut dilaporkan belum dilakukan pemeriksaan. Hal ini berarti bahwa PKP Pembeli tidak harus melakukan pembetulan SPT Masa PPN jika telah dilakukan pemeriksaan terhadap SPT Masa PPN tersebut.