Kebijakan umum dalam Undang-undang Nomor 36 Tahun 2008 adalah adanya disinsentif kepada Wajib Pajak yang tidak memiliki NPWP. Bentuk disinsentif ini adalah berupa dikenakannya tarif pemotongan pajak yang lebih tinggi kepada Wajib Pajak yang tidak berNPWP.

Begitu juga dengan ketentuan Pasal 21, tarif yang lebih tinggi bagi Wajib Pajak yang tidak berNPWP diatur dalam Pasal 21 ayat (5a) yang berbunyi “besarnya tarif sebagaimana dimaksud pada ayat (5) yang diterapkan terhadap Wajib Pajak yang tidak memiliki Nomor Pokok Wajib Pajak lebih tinggi 20% (dua puluh persen) daripada tarif yang diterapkan terhadap Wajib Pajak yang dapat menunjukkan Nomor Pokok Wajib Pajak”.

Dalam tataran pelaksanaan,  masalah tarif yang lebih tinggi bagi Wajib Pajak yang tidak ber-NPWP ini diatur dalam Pasal 20 Peraturan Dirjen Pajak Nomor PER-31/PJ/2009 sebagaimana telah diubah dengan Peraturan Dirjen Pajak Nomor PER-57/PJ/2010 yang menyatakan hal-hal sebagai berikut :

  1. Bagi Penerima Penghasilan yang Dipotong PPh Pasal 21 yang tidak memiliki NPWP, dikenakan pemotongan PPh Pasal 21 dengan tarif lebih tinggi 20%  daripada tarif yang diterapkan terhadap Wajib Pajak yang memiliki NPWP
  2. Dengan demikian,  jumlah PPh Pasal 21 yang harus dipotong adalah sebesar 120%  dari jumlah PPh Pasal 21 yang seharusnya dipotong dalam hal yang bersangkutan memiliki Nomor Pokok Wajib Pajak.
  3. Pemotongan PPh Pasal 21 dengan tariff 20% lebih tinggi tersebut hanya berlaku untuk pemotongan PPh Pasal 21 yang bersifat tidak final.
  4. Dalam hal pegawai tetap atau penerima pensiun berkala sebagai penerima penghasilan yang telah dipotong PPh Pasal 21 dengan tarif yang lebih tinggi, mendaftarkan diri untuk memperoleh NPWP dalam tahun kalender yang bersangkutan paling lama sebelum pemotongan PPh Pasal 21 untuk masa pajak Desember. PPh Pasal 21 yang telah dipotong atas selisih pengenaan tarif sebesar 20% lebih tinggi tersebut tersebut diperhitungkan dengan PPh Pasal 21 yang terutang untuk bulan-bulan selanjutnya setelah memiliki Nomor Pokok Wajib Pajak.

Misalkan Argo Sindoro adalah pegawai tetap pada PT Mutiara Jaya sejak tahun 2010. Argo Sindoro baru mendapatkan NPWP pada bulan Juni 2011. Setiap bulan Argo Sindoro mendapatkan penghasilan tetap yang jumlahnya melebihi PTKP. PPh Pasal 21 terutang setiap bulan adalah Rp100.000,-. Karena Argo belum memiliki NPWP, maka PPh Pasal 21 yang terutang dan harus dipotong PT Mutiara Jaya adalah Rp120.000,- karena dikenakan tarif 20% lebih tinggi.

Pada bulan Juni 2011, PT Mutiara Jaya memotong PPh Pasal 21 dengan tarif normal yaitu Rp100.000,-. Selisih pemotongan lebih tinggi mulai bulan Januari sampai Mei 2011 dapat diperhitungkan pada pemotongan PPh Pasal 21 setelah Argo memiliki NPWP. Jumlah selisih lebih tinggi pemotongan PPh Pasal 21 ini adalah Rp100.000,- (5 bulan kali Rp20.000,- setiap bulan). Dengan demikian, PPh Pasal 21 yang dipotong pada bulan Juni adalah Nihil karena PPh Pasal 21 Rp100.000,- dikompensasikan dulu dengan kelebihan pemotongan PPh Pasal 21 bulan Januari sampai Juni Rp100.000,-.