Perubahan KUP dalam masalah banding termasuk perubahan yang cukup signifikan. Perubahan dalam masalah banding juga terkait dengan masalah keberatan, penagihan pajak, sanksi administrasi, pengembalian pajak dan jatuh tempo pembayaran pajak.

Masalah banding ini diatur dalam Pasal 27 dalam Undang-undang KUP. Dalam UU KUP yang lama (UU No. 16 Tahun 2000), ketentuan mengenai banding diatur dalam tiga ayat saja yaitu ayat (1), (2) dan (3). Ayat (1) mengatur ketentuan bahwa permohonan banding hanya diajukan kepada badan peradilan pajak. Ayat (2) menyatakan bahwa putusa badan peradilan pajak bukan merupakan keputusan tata usaha negara. Sementara ayat (3) mengatur syarat-syarat pengajuan banding yaitu dalam bahasa Indonesia, diajukan dalam jangka waktu tiga bulan sejak keputusan keberatan diterima dan dlampiri dengan salinan surat keputusan keberatan. Tak ada perubahan signifikan dalam ketentuan tersebut di atas.

Perubahan-perubahan yang dilakukan oleh UU KUP yang baru (UU No. 28 Tahun 2007) adalah dengan menambah ayat-ayat baru yang terkait dengan proses banding, jatuh tempo pembayaran, utang pajak, dan sanksi terkait putusan banding. Ayat-ayat tersebut adalah ayat (4a), (5a), (5b), (5c), (5d), dan ayat (6).

Ayat (4a) mengatur tentang kewajiban Dirjen Pajak, apabila diminta, untuk memberikan keterangan tertulis tetang hal-hal penerbitan Surat Keputusan Keberatan.

Ayat (5a) mengatur tentang tertangguhnya jatuh tempo pembayaran pajak sampai dengan satu bulan sejak putusan banding atas utang pajak yang tidak disetujui oleh Wajib Pajak sesuai Pasal 9 ayat (3), ayat (3a) dan Pasal 25 Ayat (7). Dengan demikian apabila ada SKPKB hasil pemeriksaan tidak disetujui oleh Wajib Pajak, dan kemudian diajukan keberatan ternyata ditolak juga, maka jatuh tempo SKPKB ini adalah satu bulan sejak putusan banding. Pengenaan sanksi bunga penagihanpun tidak dilaksanakan berdasarkan ketentuan ini. Atas SKPKB inipun, berdasarkan Pasal (5b), fihak fiskus tidak boleh memperhitungkan sebagai hutang pajak dalam rangka pengembalian pajak dan imbalan bunga.

Ayat (5c) menegaskan bahwa jumlah pajak yang belum dibayar pada saat pengajuan permohonan banding belum merupakan pajak yang terutang sampai dengan Putusan Banding diterbitkan.

Jika putusan banding ternyata menolak atau mengabulkan sebagian permohonan Wajib Pajak, maka terhadap Wajib Pajak akan dikenakan sanksi denda sebesar 100% dari jumlah pajak berdasarkan putusan banding dikurangi pajak yang sudah dibayar. Ketentuan ini diatur dalam ayat (5d).

Terakhir, Pasal 27 ayat (6) menegaskan bahwa badan peradilan pajak tempat Wajib Pajak mengajukan permohonan banding atau gugatan diatur dengan Undang-undang.